Mehrere Ausbuchtungen wie das Achterwasser, Spandowerhagener Wiek und Krumminer Wiek prägen das Erscheinungsbild des besonderen Fließgewässers. Seinen Namen erhielt der Strom von dem Fluss Peene, die nahe Anklam mündet. Mit erhöhten Windgeschwindigkeiten werden ab und an Wassermassen aus der Ostsee in das Stettiner Haff gedrückt. Das bewirkt, dass im Peenestrom zeitweise starke Strömungen auftreten können. Alle Wassersportler sollten sich auf rauhes Wetter einstellen.

Viele verschiedene kleine Yachthäfen wie Freest, Kröslin, Peenemünde und Wolgast machen den Peenestrom zu einem beliebten Segelrevier. Bis Ende 2009 wurde der Peenestrom als Seewasserstraße auf 7,50 m vertieft. Schiffen mit schweren Zuladungen wurde dadurch die Durchfahrt ermöglicht. Der Peenestrom ist zudem Heimat für viele Vogel- und Fischarten. Der große Fischreichtum bewirkt, dass sich der Strom zu einem bevorzugten Lebensraum für Wasservögel wie Seeadler, Reiher und Kormorane entwickelt hat.